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【地质】 贝加尔湖是世界最古老的湖泊之一，是由印度板块和欧亚板块碰撞形成的,绝大多数科学家都认为贝加尔湖深处特有的动物残遗种约形成于三千万年前到两千万年前。贝加尔湖的产生据说是因为地壳沿着一条断层慢慢拉开，出现了一条地沟。起初，这条地沟深八公里，但随着岁月流逝逐渐被淤泥填塞，从淤泥中的微生物化石可以显示其形成年代。 绝大多数的湖泊，特别是冰河时期的湖泊，都形成于一万五千年前到一万年前。然后这些湖泊渐渐被沉积物填满，变成季节性沼泽、沼泽，最后彻底干涸。最近的研究表明贝加尔湖不是一个即将消失的湖泊，而是一个出于初始期的海洋。和非洲大陆以及南美大陆的和红海一样，贝加尔湖的湖岸每年以两厘米的速度向两边拉开。贝加尔湖拥有作为许多海洋的典型特征——深不可测、巨大的库容、暗流、潮汐、强风暴、大浪、不断变大的裂谷、地磁异常等等。贝加尔洼地是不对称的，西部的坡面比东部更加陡峭。
从地质构造上看，贝加尔湖是一个断谷的凹部，一个深入到地下15至20公里深处的大裂口。贝加尔湖和它的汇水区是世界上一个独特的地质体系。贝加尔湖位于西伯利亚东部中心地区，接近亚洲的地理中心。贝加尔湖的山谷洼地是西伯利亚地区重要的自然屏障。这一自然屏障将不同的动植物区分开，在这里生长着许多独特的生物群落。
贝加尔湖位於一很深的构造山谷地带，四周高山围绕，有的高出湖面2,000公尺(6,560呎)。湖底沉积层厚达6,100公尺(20,000呎)。岸边有死火山遗址。
湖底谷地两岸地形不对称，西岸为陡坡，东岸坡势较缓。8％的湖底很浅，只有50公尺(160呎)深。曲折的湖岸线总长2,100公里(1,300哩)，在巴尔古津湾、奇维尔库斯基(chivyrkuysky)湾和，以及阿亚亚(ayaya)小港和弗罗里哈(frolikha)小港等处有很大的凹入处。东岸有一半岛伸入湖中，名圣角(svyatoy nos)半岛。湖中有27个岛屿，最大的岛屿是（长71.7千米，最宽15千米，面积约为730平方千米）。大乌什卡尼(bolshoy ushkany)岛面积8平方公里(3平方哩)。
地壳运动尚在继续，偶尔发生强烈地震；每年贝加尔湖大约会发生两千次地震，其中大多数地震都比较小，只有通过地震仪才能探测到。每隔十年到十二年会发生一次五级到六级的大地震，每隔二十年到三十年会发生一次七级到九级的灾难性大地震，有时震级可能还会更高。1862年和1959年中部湖盆曾发生过两次大地震。1959年，9.5级的大地震使湖底下降了十五米到二十米。1962年10级的大地震使色楞格北部河口区下沉了面积为两百平方千米的面积。最近形成的proval湾的深度是3米。地壳断裂处不断有新的热矿泉产生，湖底有洞穴和裂缝，地底热气从这些洞穴和裂缝中不断泄出，以致附近的水温增到１０℃。